El desarrollo de la investigación, como parte de los procesos formativos en la educación médica del siglo XXI favorece la generación, difusión y gestión de nuevos conocimientos para atender las necesidades cambiantes del mundo de hoy. Se realizó un estudio descriptivo en la Facultad de Ciencias Médicas de Holguín durante el primer semestre del curso escolar 2016-2017. Con el propósito de caracterizar las deficiencias en la confección del proyecto de investigación de estudiantes de segundo año de la carrera de Estomatología en el municipio Holguín. El universo de estudio estuvo constituido por los 62 estudiantes de la carrera, se tuvieron en cuenta para el estudio todos los proyectos de investigación realizados por estos. Para la recogida de la información se elaboró un formulario donde se listaron aspectos propios del proyecto de investigación; se emplearon como métodos teóricos el análisis-síntesis  y el histórico-lógico; y empíricos, la revisión de documentos, en este caso, los proyectos de investigación y la observación. Las principales dificultades se centraron en la mayoría de los casos en la redacción y formulación de la hipótesis, el diseño metodológico y en el poco dominio de las normas de Vancouver para el acotamiento bibliográfico. Se concluyó que los estudiantes no muestran adecuada competencia investigativa, se caracterizaron las deficiencias en la confección del proyecto de investigación.